Совет Фонда является постоянно действующим коллегиальным органом и формируется в количестве не менее 5 человек из числа государственных гражданских служащих Ямало-Ненецкого автономного округа. Персональный состав Совета Фонда утверждается и изменяется приказом учредителя Фонда – департаментом строительства и жилищной политики Ямало-Ненецкого автономного округа.

Попечительский совет Фонда осуществляет надзор за деятельностью Фонда, за принятием другими органами Фонда решений и обеспечением их исполнения, за использованием средств Фонда, за соблюдением Фондом законодательства Российской Федерации.

Директор Фонда — Единоличный исполнительный орган Фонда.